Boğaziçi Üniversitesi'nde 1969-2000 yılları arasında akademisyenlik yapmış olan Ergüder, 1992-2000 yılları arasında üniversitenin rektörlük koltuğunu üstlenmişti. Aynı zamanda, üniversitenin ilk seçilmiş rektörü olarak da tarihe geçmişti.
Ancak, son zamanlarda üniversite yönetimi, mezunların ve emekli akademisyenlerin okula girişini keyfi bir şekilde engelliyor. Bu durum gündeme geldiğinde, atanmış rektör Naci İnci açıklama yapmak zorunda kaldı.
İnci'nin Twitter hesabından yaptığı açıklamaya göre, Ergüder'in üniversiteye alınmamasıyla ilgili ortaya çıkan durumda bir 'yanlış anlaşılma' yaşanmış olduğu belirtildi:
"Eski rektörümüz ve değerli meslektaşım Üstün Ergüder’in üniversitemiz kampüsüne girişinin kısıtlanması söz konusu değildir. Bu sabah bir yanlış anlama sebebiyle kampüs girişinde yaşanan talihsiz olayın peşinden kendisi ile görüşerek durumu açıkladım. Kendisi de anlayışla karşıladı. Basit bir yanlış anlamadan farklı anlamlar çıkarılması doğru değildir."