1999 yılında Bakanlar Kurulu kararıyla kurulan ve 24 yıldır faaliyet gösteren Boğaziçi Üniversitesi Aydın Doğan İletişim Enstitüsü, 20 Ağustos'ta Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan imzasıyla yayımlanan kararla kapatıldı. Yerine Boğaziçi Üniversitesi Film ve Medya Çalışmaları Enstitüsü kuruldu.
Resmi Gazete’de yayımlanan bu kararla, Türkiye genelinde dört üniversitede bazı fakülte ve enstitüler kapatılırken, yerlerine yenileri açıldı. Uşak Üniversitesi İslami İlimler Fakültesi'nin adı İlahiyat Fakültesi olarak değiştirilirken, Ağrı İbrahim Çeçen Üniversitesi’nde Patnos Sultan Alparslan Doğa Bilimleri ve Mühendislik Fakültesi'nin yerine Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi açıldı. Ayrıca, Gümüşhane Üniversitesi’nde Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu kapatılarak Spor Bilimleri Fakültesi kuruldu. Çankaya Üniversitesi’nde ise Fen ve Sosyal Bilimler Enstitüleri kapatılarak Lisansüstü Eğitim Enstitüsü kuruldu.
Boğaziçi Üniversitesi Aydın Doğan İletişim Enstitüsü, 1999 yılında üniversitenin iletişim alanında yüksek lisans ve doktora programları sunması amacıyla Boğaziçi Üniversitesi Senatosu’nun YÖK ve Milli Eğitim Bakanlığı'na başvurusu üzerine kuruldu. 2000-2001 akademik yılında faaliyete geçen enstitü, sadece Boğaziçi Üniversitesi akademisyenlerinin değil, aynı zamanda ABD'nin önde gelen üniversitelerinden gelen öğretim üyelerinin de ders verdiği bir yapıydı. Aydın Doğan Vakfı, enstitünün yapımı için 3 milyon dolar bağış yaparak bu projeyi desteklemişti.