Prof. Dr. Mehmet Boynukalın, en son AK Parti İstanbul Milletvekili Özlem Zengin ve partinin grup başkanvekili Bülent Turan tarafından eleştirilmişti. Siyaset, ulusal güvenlik, Montrö sözleşmesi dahil hemen her konuda görüş belirten Boynukalın, uyarıları dikkate almayınca, Ayasofya İmamlığı görevinden alınmıştı.
Ancak Boynukalın, uyarıları dikkate almadığı gibi yüksek görüşlerini daha sık paylaşmaya başladı.
Son olarak, kanunlarda yer almamasına rağmen yasaklanan alkol yasağı konusunda açıklama yaptı. Boynukalın şöyle dedi:
Bu ülkede yaşayan herkes -ben dahil- az çok vergi veriyor, hepimizin bu vergilerde hakkı var ve bunun büyük bir kısmı da içki ve kumar dışındaki helal kaynaklardan geliyor. Biz de yaptığımız işin, üniversite hocalığının karşılığını helal olan kısımdan alıyoruz; elhamdülillah.
Marmara İlahiyat Fakültesinde akademisyenlik yapan Boynukalın'ın son dönemde, başta AK Partili siyasetçiler olmak üzere üst perdeden konuşması, atanmış kişi olarak seçilmişleri cömertçe eleştirmesi tepkilere neden olmuştu. Boynukalın'ın son açıklamaları iki şekilde yorumlandı.
1. Diyanet İşleri Başkanı yetersiz. açıklama yapmalı. Zaten beni Ayasofya İmamlağından aldı.
2. Ben Diyanet İşleri Başkanı olabilirim.