Fenerbahçe'nin evinde 1-0 kazandığı maçın rövanşında Municipal Stadı'nda oynanan karşılaşmada Braga, 11. dakikada Ahmed Hassan'ın golüyle 1-0 öne geçerken, Sarı-lacivertli takım 45+3'üncü dakikada Alper Potuk ile skorda eşitliği sağladı.
Karşılaşmanın Hırvat hakemi Ivan Bebek, 44. dakikada Sarı-lacivertli takımın teknik direktörü Vitor Pereira'yı tribüne gönderdi.
İkinci yarıda hakem Bebek, 66. dakikada Braga'ya penaltı verirken, Mehmet Topal'a ikinci sarıdan kırmızı kart, Volkan Demirel'e de sarı kart gösterdi.
69. dakikada Josue, penaltı atışını gole çevirdi ve takımını 2-1 öne geçirdi.
Braga, 10 kişi kalan Fenerbahçe karşısında 74. dakikada Nikola Stojiljkovic, 83. dakikada da Rafa Silva'nın golleriyle 4-1 üstünlük sağladı.
87. dakikada hakem Ivan Bebek, bu kez Alper Potuk'a direkt kırmızı kart gösterdi ve Fenerbahçe 9 kişi kaldı. Babek, 90+7. dakikada da Volkan Şen'e ikinci sarıdan kırmızı kart gösterirken, Sarı-lacivertli takım 8 kişiyle mücadele etmek zorunda kaldı.
Karşılaşma, 4-1 Braga'nın üstünlüğüyle sona erdi ve bu sonuçla Portekiz ekibi çeyrek finale yükselirken, Fenerbahçe de Avrupa'ya veda etti.