Sosyal medya hesabından açıklama yapan Aygün, "Sayın Baykal, Ergenekon'un sahte bir kumpas davası olduğu artık Yargıtay kararıyla sabit hale geldi. Siz çok önceden bu davaya karşı CHP Genel Başkanı olarak tepki göstermiş ve içeriye atılan mazlumların avukatı olduğunuzu ilân etmiştiniz. Bu davayla ilgili kanımca en fazla konuşma hakkına -mazlumların yanı sıra- siz sahipsiniz. Kamuoyuna ve komplo davanın 'savcısı' Erdoğan'a bir şeyler söylemenizi bekliyoruz.." dedi.
Aygün'ün CHP 24. dönem milletvekillerinin üye olduğu Whatsapp grubuna da söz konusu mesajları gönderdiği ve Baykal'a doğrudan çağrı yaptığı öğrenildi.
Geçen perşembe günü Yargıtay 16. Dairesi Ergenekon davasında yerel mahkemenin verdiği mahkumiyet kararını bozmuş, Ergenekon diye bir örgütün olmadığını söylemişti.