İYİ Parti Genel Başkanı Meral Akşener, katıldığı televizyon programında, İBB Başkanı Ekrem İmamoğlu'na Kanal İstanbul nedeniyle soruşturma başlatıldığını duyurmuş, İBB Sözüsü Ongun da bunu doğrulamıştı.
İçişleri Bakanlığı'ndan yapılan açıklamada şu ifadelere yer verildi:
''İYİ Parti Genel Başkanı Sayın Meral Akşener’in 16 Kasım 2020 tarihinde katıldığı bir televizyon kanalında Kanal İstanbul Projesi'ne karşı çıktığı için İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı Sayın Ekrem İmamoğlu hakkında soruşturma açıldığı, kendisinin bölücülükle suçlandığı şeklinde beyanlarının olduğu, bazı basın yayın organlarında da benzer değerlendirmelerde bulunulduğunun anlaşılması üzerine kamuoyunu doğru bilgilendirmek amacıyla aşağıdaki açıklamanın yapılmasına gerek görülmüştür.
Devlet Projesi olarak uygulamaya konulan Kanal İstanbul Projesi aleyhine İstanbul Büyükşehir Belediyesi’nin kurumsal kimliği kullanılarak afişler bastırılması ve şehrin değişik yerlerine astırılması üzerine 17.08.2020 tarihli onay ile konunun araştırılması, gerekiyorsa sorumlular hakkında ön inceleme yapılması amacıyla Mülkiye Müfettişi görevlendirilmiştir.
Onaya tabi konular incelendiğinde; Belediyelerin, Anayasa’da ifadesini bulan "İdarenin Bütünlüğü İlkesi" çerçevesinde değerlendirilmesi gerektiği ve bu çerçevede idari vesayet denetimine tabi oldukları, Belediye Kanunu gereğince Belediye başkanının görevleri arasında bulunan "Beldenin ve Belediyenin Hak ve Menfaatlerini Koruma" görevinin belediyeye verilen görevlerle sınırlı olduğu, "Ya Kanal Ya İstanbul" şeklinde bir afişle uluslararası hukuk boyutu bulunan, siyasi alana taalluk eden ve "Devletin Egemenlik Yetkisi"ne ilişkin bulunan bir konuya kamu kaynağı kullanılarak karşı çıkmanın idarenin bütünlüğü ilkesine ve hukuka aykırı olduğu belirtilerek sorumlular hakkında araştırma, gerek görülmesi halinde ön inceleme yapılması hususlarının yer aldığı görülmektedir.
Onayın hiçbir yerinde Kanal İstanbul Projesi'ne, İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı’nın kişisel olarak karşı çıkması sorgulanmamış, kurumsal olarak ve kamu kaynağı kullanılarak bu afişlerin bastırılmış olması araştırma/ön incelemeye dahil edilmiştir. İddia edildiği gibi onayın hiçbir yerinde bölücülük suçlaması da bulunmamaktadır.