Ortaylı, "Bütün bu yapının ciddi şekilde incelenmesi, uzun uzun raporlarla öne konması ve tartışılması gerekiyor. Ayasofya’nın restorasyon için belli bir müddet mutlaka kapatılması gerekiyor. Yılda 3 milyon ziyaretçinin Ayasofya’ya girmesi bir facia. Dünyada bu gibi eserlerin hepsinde randevu sistemi uygulanıyor. Floransa’daki Duomo denen katedrale, Roma’daki 6. asırdan kalma binalara bakınız. Üstelik Floransa’daki katedral, Brunelleschi’nin bir harikası olmasına rağmen öbür saydıklarımda merkezi kubbe denemesi de çok geç devirdedir." değerlendirmesini yaptı.
Ortaylı yazısında, "Bütün binanın temizliği için; yani normal rutubetin ve suların akıtılması için yapılan kanalların, zeminin sağlamlaştırılması ve zamanın getirdiği çöküntüyü önlemek için yapılan desteklerin doğru düzgün tespiti gerekir ve Ayasofya’ya randevu ile alınan ziyaretçinin belirli sayıyla olması da buna dahildir. Ayasofya, Justinianus’un; yani Konstantin gibi değil, gerçek anlamda Hıristiyanlığı kabul etmiş, inançlı Hıristiyan imparatorun yaptırdığı binadır. Justinianus Makedonyalıdır, Latinceyi ve Roma’yı sever; Helenliğe de tercih eder. Asırlar boyu bütün Hıristiyan milletlerin veya İslamiyetten sonra Müslüman milletlerin de fethini hayal ettikleri açık; ancak Fatih Sultan Mehmed gibi büyük bir komutan bunu gerçekleştirmiştir. Fatih Sultan Mehmed adını değiştirmedi; Ayasofya’nın Fethiye Camisi olduğu gerçektir lakin padişahın kendi adının kullanımı için 1459’dan sonra Fatih Camisi’ni de yaptırdığı bir gerçektir. İstanbul’un fiili başkent olması da zaten 1459 yılını bulmuştur." ifadesini kullandı.
Ortaylı şunları kaydetti:
"1500 yılına gelen binanın kullanımı, İspanya’da Kurtuba’daki caminin getirildiği hal örnek alınarak gerçekleştirilemez. Biz, İspanyollar gibi davranmak zorunda değiliz. Ayasofya’nın sahibi olmak şüphesiz bir övünç meselesi, bir hâkimiyet sembolüdür lakin onu korumak babındaki mesuliyetin ağırlığı da ortadadır."