Hürriyet'te yer alan habere göre, Genelkurmay Adli Müşaviri Tümgeneral Hıfzı Çubuklu’nun Ergenekon davasında tutuklanmasının ardından Ocak 2013’te Hâkim Albay Muharrem Köse bu göreve getirilmişti. Kasım 2014’te Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı’nın yürüttüğü soruşturmada Askeri Yargıtay üyesi olduğu belirtilen gizli tanığın ifadesi basına yansımıştı. İfadede, Köse’nin "paralel yapı"nın askeri yargıdaki sorumlusu olduğu iddia edilmişti. Köse’nin avukat Sönmez Ahi, iddiayı yalanlamıştı.
Köse’nin "Ergenekon şeması"nı mahkemeye gönderen kişi olduğu iddiası da basına yansımıştı. Köse’nin, İzmir’deki askeri casusluk davasında komutanların tutuklanmalarına neden olan belgelerin incelenmesine onay vermediği, bu nedenle de belgelerin gerçek gibi kabul edildiği iddiaları gündeme gelmişti. 28 Şubat davasının görüldüğü Ankara 5. Ağır Ceza Mahkemesi’nin geçen ocak ayındaki duruşmasında da sanık avukatı Ali Fahir Kayacan, Köse’nin TSK’deki Fethullahçı yapının askeri başı olduğunun konuşulduğunu öne sürdü.